Le Directoire de la Fédération Terrienne s'est durablement installé sur Char et le Perturbateur Psi empêche Kerrigan d'unir les Nuées. Ainsi les légions Zergs sont-elles maîtrisées par les Terrans. Pour détruire le Perturbateur et prendre le contrôle des Nuées, Kerrigan compte sur des alliés de taille : certains Cerebrates qui lui ont prêté allégeance, le Lieutenant Duran mais aussi Jim Raynor et Fenix. Raynor est à la tête d'une poignée de mercenaires rebelles : les Raynor's Raiders. Évidemment le but de Kerrigan est de prendre le contrôle de toutes les Nuées Zergs, mais auprès de Raynor et du Prêteur, elle argumente que s'ils ne réagissent pas, le Directoire les réduira tous en esclavage.
À contrecoeur, Raynor et ses Raiders vont devoir aider Kerrigan
Kerrigan a installé sa Ruche principale sur Tarsonis, ancien siège de la Confédération où elle avait été abandonnée par Mengsk. Malheureusement, le signal du Perturbateur Psi est si puissant qu'il commence à désorganiser les Nuées même sur cette lointaine planète. Après avoir repris le contrôle de toutes ses légions, elle se rend sur Braxis pour détruire le Perturbateur Psi. De son propre aveu, il lui est de plus en plus difficile de maintenir le contact avec ses Zergs.
Elle révèle alors à Raynor pourquoi elle lui a demandé de sauver Arcturus Mengsk : celui-ci est encore en possession des Emetteurs Psi, seuls capables d'aider Kerrigan à contrôler ses Couveuses. Grâce à ces appareil, elle pense pouvoir rassembler suffisamment de légions pour détruire le Perturbateur et attaquer le Directoire. En échange des Emetteurs, elle promet à Mengsk de l'aider à reprendre le contrôle de Korhal, planète centrale du Dominion Terran. Raynor et ses Raiders parviennent à détruire le générateur principal du Perturbateur suite à quoi Mengsk fait activer les Emetteurs. Grâce aux forces Zergs qui ne tardent pas à se rallier à eux, Kerrigan anéantit définitivement le Perturbateur Psi.
Mengsk a rempli sa part du contrat et espère que Kerrigan tiendra elle aussi parole. Fenix et Raynor, quant à eux, sont plus dubitatifs. Ils admettent toutefois qu'elle semblait sérieuse en disant vouloir détruire le Directoire. Et en effet Kerrigan revient rapidement vers eux. Avant d'attaquer Korhal elle a besoin de ressources pour développer une armée suffisante. Elle demande donc à Raynor et Fenix de se rendre au Combinat Kel-Morian, une exploitation minière Terrane de la riche planète Moria. Kerrigan demande additionnellement à ses factions Zergs d'infester le plus de Centres de Commandement possible.
Mengsk veut reprendre Korhal et rétablir son Empire
Grâce aux nouvelles ressources, et l'effort de guerre qui s'ensuit, l'assaut sur Korhal est lancé : Fenix et Raynor attaquent les défenses extérieures tandis que les Nuées Zergs de Kerrigan se jettent sur Augustgrad. La mission est un succès. Arcturus Mengsk redevient Empereur du Dominion Terran en réinvestissant Augustgrad. Son fidèle second, le Général Duke, reprend le contrôle des armées. Mais Kerrigan a un plan et elle n'entend pas que quiconque le lui gâte. Ses alliés n'étant plus d'aucune utilité, elle décide de les éliminer. Mengsk sans son Général Duke sera impotent et Fenix représente une réelle menace. Ordre est donc donné de raser dès l'aube les bases de Fenix et Duke.
Malheureusement l'effet de surprise ne pourra durer que quelques minutes avant que les Protoss et les Terrans n'organisent une riposte. Il faut frapper vite et fort et c'est la base de Duke qui est rasée en premier. Duke mort, Mengsk se révolte auprès de Kerrigan. Mais celle-ci ne lui a jamais pardonné de l'avoir livrée aux Zergs. Elle n'a repris Korhal que parce que c'était une planète stratégique pour le Directoire et lui avoue s'être servie de lui pour détruire le Perturbateur Psi. Elle laisse Mengsk errer dans les ruines de son Empire déchu afin qu'il assiste à son couronnement à elle. Les Nuées s'en prennent ensuite à la base Protoss. Le vaillant Fenix tombe une seconde fois au combat. Fou de rage en voyant cette trahison, Jim Raynor promet à Kerrigan que si quelqu'un doit un jour la tuer, ce sera lui.
En mourant au combat, le Prêteur Fenix rejoint la Khala en héros
De retour sur Tarsonis, Kerrigan et ses Zergs doivent faire face à une invasion de la Nuée Rénégate contrôlée par le Directoire. Malheureusement l'influence de l'Overmind sur Tarsonis est très faible. Aussi les Terrans ont-ils envoyé des scientifiques pour coordonner l'attaque. Après avoir tué tous les scientifiques, les forces de Kerrigan annihilent les Zergs Renégats. Il est temps pour Kerrigan de retourner sur Shakuras et capturer la Matriarche Raszagal. L'avant-poste de Talimatros est alimenté par de nombreux pylônes. Duran a un plan : surcharger l'énergie des pylônes et profiter de la confusion pour s'emparer de la Matriarche. Cet ingénieux stratagème fonctionne à merveille.
Kerrigan peut enfin reprendre le contrôle de Char. Elle a capturé Raszagal car elle savait que Zeratul ne tarderait pas à se manifester pour exiger sa restitution. En échange de son otage de valeur, elle obtient ainsi que quelques Templiers Noirs soient mis à sa disposition. Eux seuls ont le pouvoir de tuer l'Overmind et les Cerebrates Renégats. C'est d'ailleurs Zeratul en personne qui porte le coup final après que les Zergs aient détruit les forces Terranes qui protégeaient la créature. Au moment de restituer Raszagal, un coup de théâtre survient : la Matriarche ne souhaite pas rejoindre sa tribu, elle préfère rester et servir Kerrigan. Cette dernière avoue alors à Zeratul détenir l'esprit de Raszagal depuis bien avant leur alliance sur Shakuras et la récupération des Cristaux Uraj et Khalis. Le Judicateur Aldaris avait donc raison lorsqu'il avait tenté d'alerter Zeratul et Artanis, sur Shakuras : Raszagal était bel et bien manipulée.
Zeratul fera tout ce qui est en son pouvoir pour sauver la Matriarche Raszagal
Zeratul n'a pourtant pas dit son dernier mot. Profitant de son invisibilité, il est parvenu à s'infiltrer et recupérer la Matriarche. Les Protoss ont établi une base en attendant d'effectuer un Saut Dimensionnel vers Shakuras. Toujours aidée de Duran, Kerrigan lance ses Nuées sur la base Protoss. Mais au moment de libérer Raszagal de sa Cellule de Stase, Zeratul surgit et tue la Matriarche, préférant la voir morte mais libre que vivant sous l'emprise de Kerrigan. Juste avant de mourir, celle-ci lui confie la charge de leur peuple, les Templiers Noirs. À la surprise générale, Kerrigan laisse Zeratul repartir vivant, mais il est accablé par la mort de la Matriarche.
Zeratul retourne sur Shakuras avec les quelques combattants qu'il lui reste. La flotte Protoss est dispersée aux quatre coins de la Galaxie et l'on est sans nouvelle d'Artanis. Un Templier informe Zeratul qu'une lune inexplorée émet des signaux Protoss, bien qu'aucune colonie Protoss n'y soit enregistrée. Il espère que ce soit Artanis qui se soit réfugié sur cette lointaine lune noire.
Zeratul se rend sur la lune noire, ne sachant pas encore qu'un odieux secret s'y cache
Arrivé sur place, Zeratul est informé qu'une base Terrane y est implantée. Il découvre un Protoss enfermé dans une Cellule de Stase mais celle-ci se détruit au contact des ondes psioniques du Templier Noir. Continuant d'avancer, il découvre une nouvelle Cellule et libère le Templier prisonnier. Plusieurs Cellules du même type se trouvent sur place et elles contiennent aussi des Zergs. Zeratul est de plus en plus interloqué par ces découvertes. La dernière Cellule renferme une créature monstrueuse : un Hybride Zerg/Protoss. Consterné par ces expérimentations, Zeratul se demande qui peut être à leur origine.
C'est alors qu'apparaît Samir Duran. Il explique à Zeratul ne pas être un simple Lieutenant aux ordres de Kerrigan. Duran a traversé les millénaires et dit servir un pouvoir bien plus grand resté assoupi pendant des milliers d'années. Il affirme également qu'un grand nombre d'Hybrides ont d'ores et déjà fertilisé d'autres mondes et que la destruction de celui contenu dans la Cellule de Stase ne changera rien à l'inéluctable. Incapable de partager cette découverte avec son peuple, Zeratul retourne sur Shakuras empreint d'inquiétude pour l'avenir de la Galaxie.
L'une des Cellules de Stase renfermait un Hybride Zerg/Protoss
Pendant ce temps, en orbite de Char, trois flottes dirigées par Mengsk, Artanis et DuGalle s'apprêtent à conjointement attaquer Char pour détruire Kerrigan. Hélàs cette tentative désespérée est un échec cuisant : Kerrigan les anéantit avec une facilité déconcertante. Les Protoss se réfugient sur Shakuras et Mengsk s'en retourne sur Korhal. DuGalle et les forces du Directoire, quant à eux, tentent de faire le voyage vers la Terre en sens inverse sans avoir pu mener à bien leur mission initiale. Seule, Kerrigan contrôle désormais l'ensemble des Zergs du Secteur du Koprulu et s'élève dans toute sa splendeur : elle est la Reine de Nuées, la Reine des Lames.
Épilogue :
