Nous prenons l'histoire en décembre 2499, soit cinq siècles après le départ des colons de la Terre. Quatre jours auparavant, une mystérieuse flotte d'extraterrestres nommés Protoss a dévasté sans sommation la surface de Chau Sara, l'une des colonies de la Confédération dans le Secteur de Koprulu. Craignant que la planète Mar Sara ne subisse le même sort que sa voisine, le Général Edmund Duke des Forces de Sécurité Confédérées donne l'ordre d'emmener les colons de Mar Sara vers les terres désertiques de la planète en attendant une évacuation.
Les puissants vaisseaux Protoss ont semé la désolation sur Chau Sara
À peine le Marshal local, Jim Raynor, a-t'il mené à bien cette mission que la Station de Backwater envoie à son tour un signal d'alerte. Outrepassant les ordres de Duke, Raynor décide de se porter au secours de Backwater. Ce qu'il va découvrir sur place le laissera stupéfait : la planète est infestée d'aliens insectoïdes, les Zergs. Il parvient à sauver les habitants de Backwater mais son insubordination lui vaut d'être arrêté.
De nombreuses planètes sont touchées par l'invasion Zerg et la Confédération ne semble pas vouloir y remédier. Devenu hors-la-loi, Jim Raynor s'allie avec les Fils de Korhal emmenés par Arcturus Mengsk pour tenter d'éradiquer la menace. Mar Sara est de plus en plus infestée par les Zergs mais avant d'évacuer totalement la planète, Raynor parvient à subtiliser ce qu'il pense être des disques de données de la Confédération. Peu de temps après, une flotte Protoss se place en orbite de Mar Sara et la bombarde massivement. On comprend alors que les Protoss tentent eux aussi de repousser les Zergs.
Les Fils de Korhal tentent d'éveiller la conscience des colons
Les rebelles se réfugient sur la colonie frontalière d'Antiga Prime, dont les habitants montrent des signes de résistance à la Confédération. C'est aux côtés du bras droit de Mengsk, Sarah Kerrigan, que Raynor libère le peuple d'Antiga. Kerrigan est un Fantôme : elle possède des pouvoirs psychiques. Ces deux-là ne s'apprécient d'ailleurs pas beaucoup, du moins au début... La révolte d'Antiga affaiblit considérablement la Confédération et les Zergs en profitent pour proliférer de plus belle. Interceptant un message de détresse, Raynor et Kerrigan se portent au secours du Général Duke et parviennent à le rallier à leur cause.
Le décodage des disques volés sur Mar Sara apporte une surprise de taille aux rebelles. Non seulement les dirigeants de la Confédération connaissaient l'existence des Zergs mais on apprend aussi que les Zergs sont sensibles aux ondes psioniques des Fantômes. Les disques volés contenaient les plans d'un Emetteur Psi permettant d'amplifier les ondes des Fantômes et ainsi attirer les Zergs sur une planète. L'invasion Zerg n'est donc pas le fruit du hasard, elle est l'oeuvre de la Confédération pour écraser les dissidents.
Les invasions Zergs sont le fait de la Confédération Terrane
Arcturus Mengsk décide d'utiliser l'Emetteur Psi contre la Confédération en le plaçant au coeur de Tarsonis, la planète centrale du régime, peuplée de millions de personnes. Cette décision choque profondément Kerrigan et Raynor mais ils obéissent tout de même aux ordres de Mengsk. Répondant à l'amplification des ondes psychiques, des nuées de Zergs se ruent sur la planète, détruisant tout sur leur passage.
Mais comme à leur habitude, les Protoss ne tardent pas à débarquer et menacent les plans de Mengsk. En effet, s'ils parviennent à arrêter les Zergs sur Tarsonis, la Confédération survivra. Sarah Kerrigan est donc envoyée à New Gettysburg, sur Tarsonis, pour tenter de retenir les Protoss. Mais après avoir rempli sa mission, elle est abandonnée par Mengsk qui refuse de l'évacuer, tandis que des centaines de Zergs s'abattent sur elle. Effondré par cette perte, Raynor s'aperçoit qu'il est amoureux d'elle. Il tentera malgré tout de la sauver mais arrivera hélas trop tard.
Sarah Kerrigan, abandonnée par Arcturus Mengsk à New Gettysburg
Fort de la chute de la Confédération, Arcturus Mengsk prend le pouvoir et s'autoproclame Empereur du nouvellement formé Dominion Terran. Fou de rage de n'avoir pu sauver Kerrigan, Jim Raynor rompt son alliance avec Mengsk et redevient, de ce fait, hors-la-loi.
