L'Overmind, Maître-Esprit, manifestation de la conscience collective de l'Essaim Zerg, est plus que satisfait. À New Gettysburg, il a trouvé une créature dotée de pouvoirs psioniques qui, métamorphosée au sein de la Nuée, pourra devenir un puissant agent du Swarm. Plus puissant encore que les redoutables Cerebrates par l'intermédiaire desquels l'Overmind contrôle les légions Zergs. Pour l'instant la créature est incubée dans une Chrysalide qu'il faut évacuer de Tarsonis vers la planète volcanique Char, ruche principale de la Nuée.
La planète Char est le berceau de l'Essaim Zerg
Arrivée à maturité, la Chrysalide s'ouvre et dévoile une Kerrigan aux pouvoirs démultipliés par sa symbiose avec l'Overmind. De son côté, Jim Raynor a entendu Sarah l'appeler dans son sommeil. La pensant toujours vivante, il se rend sur Char pour tenter de la sauver. Leur confrontation est un énorme choc et il se rend vite à l'évidence : ce qu'il reste de Sarah est tout sauf humain.
Cependant, le conditionnement psychique que la Confédération avait fait subir à Kerrigan pour en faire un Fantôme l'empêche de développer de nouveaux pouvoirs. Pour recouvrer toutes ses facultés psioniques, elle infiltre donc un vaisseau scientifique Terran et accède aux archives du projet Fantôme. En comprenant comment les expériences étaient menées, elle parvient à défaire le conditionnement. La voici désormais pleinement métamorphosée.
Sarah Kerrigan infestée devient l'agent le plus puissant de la Nuée
De retour sur Char, elle sent la présence d'un groupe de Protoss sur la planète. Elle rencontre alors Tassadar, des Templiers, qui menait également l'assaut Protoss sur Tarsonis le jour où elle fut sacrifiée. Mais les Protoss ont découvert quelque chose qui menace la Ruche toute entière : le pouvoir des Templiers Noirs affecte celui de l'Overmind. Sans leur Maître-Esprit, les larves deviennent incontrôlables.
Lorsque Zeratul, chef des Templiers Noirs, réussit à tuer l'un des Cerebrates, un contact psychique s'établit entre l'Overmind et lui. Pendant ce bref instant, le Maître-Esprit fouille l'esprit de Zeratul et y découvre l'emplacement d'Aïur, planète natale des Protoss. L'opportunité est trop belle : l'intégralité de l'Essaim s'engage dans un vortex d'espace-temps en direction d'Aïur, tandis que Kerrigan reste sur Char pour finir d'en chasser Tassadar et Zeratul.
L'Overmind s'implante dans la surface d'Aïur
Sur Aïur, l'Overmind s'approprie les Cristaux Khaydarin, dont les Protoss ne connaissent pas l'existence et qui possèdent de nombreux pouvoirs. Il ordonne également la destruction d'un Temple sacré. Celui-ci fut construit par les créateurs des races Protoss et Zerg, les Xel'Naga. Cette espèce ancienne, et éteinte, offrit la pureté des formes aux Protoss, et l'essence collective aux Zergs. Le Temple marque l'emplacement où les Xel'Naga avaient pour la première fois posé le pied sur Aïur. C'est seulement en ce lieu que l'Overmind peut se manifester.
Sur les ruines du Temple, l'Overmind fait déposer les Cristaux de Khaydarin. Enfin il peut s'implanter dans Aïur et intégrer la race Protoss à la Nuée. En fusionnant les atouts des deux races, il espère créer une race parfaite capable de régner en maître absolu sur la Galaxie.