Cinématique : Le retour sur Aiur
En orbite autour d'Aiur l'on voit passer un vaisseau de type Arbitre, et alors qu'il s'éloigne une flotte Protoss est révélée, le centre de cette flotte étant composée de Porte-nefs mais aussi d'un Cuirassé Terran : l'Hyperion.
Le jugement de Tassadar
Tassadar est prisonnier du conclave dans une cellule de stase, il attend son jugement et son exécution par le Conclave. Les Templiers quant à eux ont profité de la confusion pour disparaître. Fenix est pessimiste quant à leurs chances de victoire, mais il n'abandonne pas. Avec l'aide de Jim Raynor et de son vaisseau amiral l'Hyperion, ils décident d'attaquer la base du Conclave.
La cellule de stase de Tassadar est finalement détruite, libérant le templier. Mais immédiatement, davantage de troupes loyales au Conclave apparaissent et l'encerclent pour l'arrêter à nouveau ainsi que ses alliés. Aldaris annonçant alors qu'il s'attendait à cette action. Mais les Templiers noirs apparaissent à leur tour, encerclant les troupes du Conclave et menaçant la vie même d'Aldaris. Zeratul annonce alors que le conclave est dans l'erreur, et que ses actions mènent les Protoss à leur perte. Aldaris laisse alors à contrecœur Tassadar est ses alliés fuir les lieux.
Les chasseurs de l'ombre
Une fois libéré, Tassadar projette d'attaquer l'Overmind lui même, mais pour cela ses défenses doivent d'abord être affaiblies. Pour cela il compte détruire deux cerebrate Zergs avec l'aide des Templiers noirs. Une attaque est alors organisée, menée par Fenix et Zeratul. Après avoir défait les importantes forces Zerg du secteur Zeratul exécute lui même les deux cerebrate, qui sont incapables de se réincarner.
L' œil du cyclone
Une dernière réunion est organisée entre les différents amis de Tassadar, comme prévu, la mort des Cerebrate a ouvert un passage jusqu'à l'Overmind et le moment d'une attaque directe est venue.
Raynor décide de venir aider les protoss avec ses troupes, estimant que les Zergs lui ont tout pris et qu'il ne peut rester à l'écart alors que tout va se jouer maintenant.
L'attaque est menée sous deux angles, au Nord Ouest les Terrans menés par Raynor dans son Hyperion, et au Sud-Est la force Protoss menée par Zeratul et Tassadar dans le vaisseau amiral Protoss le Gantrithor, un Porte-Nef.
Aldaris intervient alors, présentant les excuses du Conclave qui a assisté à la mort des Cerebrate, il considère Tassadar comme le meilleur des Protoss et il reconnait la nécessité de toutes ses actions.
Raynor toujours cynique demande si cela leur donnerait droit à des renforts.
La base Zerg est titanesque et l'Overmind se trouve en son centre, protégé en outre par une carapace spéciale à la résistance exceptionnelle. (5000 points de vie la ou aucune autre structure du jeu n'a jamais dépassé les 2000 points de vie)
Finalement les forces Terran et Protoss conjointes réussirent à détruire la carapace, rendant l'Overmind Vulnérable, malheureusement leur assaut s'épuise et ils sont incapables de lui donner le coup de grâce. Tassadar décide donc de se sacrifier, il annonce qu'il compte jeter le Gantrithor sur l'Overmind après avoir canalisé les énergies des Templiers noirs.
Cinématique : La mort de l'Overmind
La situation est désespérée, l'assaut contre l'Overmind est sur le point d'échouer. Tassadar décide alors de faire le sacrifice ultime, il canalise les énergies des templiers et des templiers noirs à travers la coque du Gantrithor gravement endommagé par les Zergs. L'Overmind perçoit le danger et tente de s'échapper à travers une faille dimensionnelle, cependant cela arrive trop tard. Tassadar transformé en énergie pure entre en collision avec l'Overmind, entrainant sa destruction totale avant qu'il ait pu s'échapper.
Epilogue :
L'Overmind est mort, les nuées Zergs sont désorientées et divisées, mais Aiur est totalement dévastée, ses villes sont en ruines et le conclave est mort.
Sur la lointaine Planète Char, Kerrigan la reine des lames sent que son heure est venue.
