La nouvelle menace
Naminé fut capturée très rapidement par l'Organisation XIII et gardée dans le Manoir Oblivion alors que Roxas fut recruté par Xemnas pour devenir un membre à part entière de l'Organisation.
Roxas étant le simili de Sora, celui-ci est capable de manier la Keyblade, ce qui en fait un membre très particulier. Son mentor, Axel, est un autre membre de l'Organisation. Les deux ont pour mission de détruire les sans-coeurs afin de libérer leurs coeurs et de les collecter afin de créer un autre Kingdom Hearts pour redevenir des êtres complets. Peu de temps après ces événements, un nouvel individu mystérieux se joint à eux, Xion. Il s'agit d'une personne très spéciale, puisque capable de changer d'apparence en fonction des personnes qu'elle côtoie et des relations qu'elle entretient. Axel, Roxas et Xion deviennent vite très proche et cette dernière révèlera qu'elle est également capable de manier la Keyblade.
Plusieurs membres de l'Organisation furent envoyés au Manoir Oblivion afin de préparer Naminé à l'arrivée imminente de Sora, Donald et Dingo. A l'entrée, les trois compagnons oublièrent tous leurs souvenirs grâce aux pouvoirs de Naminé. Larxene, Axel et Marluxia, trois membres de l'Organisation XIII, étaient à l'origine de ce fait : ils souhaitaient renverser l'Organisation et en devenir les dirigeants, en particulier Marluxia. Selon ses instructions, Vexen créa même Néo-Riku, une réplique de Riku, en ayant récupéré au préalable toutes les informations sur le garçon dont il se servit pour tester Sora.
Les trois amis parvinrent à se défaire des membres de l'Organisation présents dans le Manoir et libérèrent Naminé. Celle-ci leur expliqua qu'ils devaient entrer dans des nacelles pour les plonger dans un sommeil profond et récupérer leur mémoire petit à petit. Ce processus devra cependant se faire à un prix important, ils ne se souviendront plus d'elle ou du Manoir Oblivion.
Au moment où Sora est entré dans son sommeil profond, Roxas, par sa connexion spéciale avec ce dernier, tomba lui aussi dans une sorte de sommeil. Pendant ce temps, Riku se réveilla au plus profond du Manoir Oblivion. Son coeur sentait que Sora se trouvait au même endroit et désirait le suivre. Durant son aventure, Riku souhaitait se débarrasser de son passé et combattre les Ténèbres qui étaient en lui. Effrayé par le fait d'incarner les Ténèbres, l'apparition de Néo-Riku le conforta dans cette idée et l'Organisation XIII joua sur ce sentiment pour tenter de le faire succomber une seconde fois et combattre la Lumière dans le coeur de Sora.
Lors de son exploration, Riku rencontra Naminé, qui avait pris la forme de Kairi, lui expliquant qu'il ne devait pas choisir entre la Lumière et les Ténèbres mais accepter les deux et se servir de ce pouvoir pour faire ce qui lui paraissait le plus juste. Le jeune homme fit également la rencontre de DiZ qui lui demanda de choisir sa voie d'une façon plus radicale, mais il décida de retrouver Naminé pour décider avec elle. Plus tard, Néo-Riku, souhaitant être plus qu'une simple réplique et voulant absorber les pouvoirs de Riku, l'attaqua une seconde fois, mais Riku l'emporta.
Au moment de sa rencontre avec Naminé, celle-ci lui proposa de verrouiller Ansem et les Ténèbres se trouvant dans son coeur mais il en oublierait alors tout ce qui aura pu se passer après son départ de l'Île du Destin. Riku refusa et rejoignit le roi Mickey et DiZ qui lui donna la possibilité de combattre Ansem définitivement. Il affronta son ennemi et en sortit vainqueur, bien que le sans-coeur le prévint qu'une partie de lui resterait dans son coeur et qu'il reviendrait.
A la suite de ce combat, Mickey Mouse expliqua à Riku qu'il ne devait pas craindre les Ténèbres mais s'en servir, tout comme la Lumière, car elles font toutes deux parties intégrantes de son coeur. Ansem le Sage fournit aux deux amis des manteaux noirs similaires à ceux de l'Organisation XIII, et suivant les conseils du roi, Riku choisit de suivre sa propre voie et refusa le choix manichéen de DiZ, entre la Lumière et les Ténèbres.
DiZ, lui, nourrissait une soif de vengeance extrême envers Xehanort et l'Organisation XIII. Il s'infiltra dans le Manoir Oblivion, retrouva Naminé et Sora, et les emmena dans la Cité du Crépuscule afin de superviser le processus de reconstruction des souvenirs de Sora.
