Des années après la Guerre
Xehanort, un jeune homme vivant sur l'Île du Destin, reçut un jour la visite d'une personne au visage masqué par une capuche. Ce mystérieux personnage n'était autre qu'Ansem, qui se trouvait être le sans-coeur de Xehanort, venu du futur. Le sans-coeur est une entité étant la manifestation physique des ténèbres présents dans le coeur d'une personne. Cette version d'Ansem donna la possibilité au jeune Xehanort de voyager dans le temps afin de rassembler des corps pour y implanter différents fragments de son cœur et former une organisation capable de recréer la X-Blade. De retour dans le passé, la jeune version de Xehanort oublia tout de ce qui avait pu se passer dans le futur mais garda dans son subconscient le désir ardent de devenir un Maître de la Keyblade.
Son projet était désormais clair : Xehanort devait s'entraîner plus que quiconque pour devenir le plus puissant des Maîtres de la Keyblade. Dans ce but, il se rendit à la Contrée du Départ afin de s'entraîner et devint ami avec un certain Eraqus. Les deux jeunes hommes, bien que très proches, commencèrent à prendre leur distance suite à un différend sur la façon dont le monde devait être dirigé. Eraqus pensait que les ténèbres devaient être éradiqués de la surface du monde alors que Xehanort, de son côté, trouvait qu'un équilibre entre Lumière et Ténèbre était la solution.
Des années plus tard, les deux amis vieillissant, Xehanort prit sous son aile un jeune manieur de la Keyblade, Ventus, souhaitant lui aussi devenir Maître de la Keyblade, afin de transférer son coeur dans son corps pour donner plus de temps à ses projets. Malheureusement, Ventus se révéla encore trop faible pour pouvoir accueillir le coeur de Xehanort, il décida alors d'extraire l'obscurité du coeur du jeune homme, ce qui donna naissance à Vanitas. Ce dernier pouvait alors aider à recréer la X-Blade. Ventus, le coeur brisé suite à cette manipulation, fut amené par Xehanort sur l'Île du Destin afin d'y mourir. Le coeur du jeune homme se réfugia dans celui d'un nouveau né nommé Sora afin de survivre. Ventus se réveilla peu de temps après, amnésique et Xehanort le guida jusqu'à son ami d'enfance, Eraqus, pour qu'il devienne son apprenti. Ventus fit la connaissance de Terra et Aqua, les deux autres apprentis de maître Eraqus, devint l'ami de ces derniers et s'entraîna pendant quatre années à leurs côtés.
Suite à l'échec du plan de Xehanort, quatre ans plus tard, ce dernier décida de manipuler Terra pour qu'il se retourne contre ses amis et fasse ressurgir toutes les Ténèbres présentes dans son coeur. Pendant ce temps, Terra rencontra un jeune garçon sur l'Île du Destin, Riku, dont la lumière qui s'en émanait surpassait tout ce qu'il avait pu voir auparavant. Lors d'une cérémonie, il transmit à Riku, qui souhaitait plus que tout protéger ses amis, le pouvoir de se servir d'une Keyblade. Terra comprit alors que les objectifs de Riku et les siens ne faisaient qu'un. Pendant ce temps, sur le monde du Jardin Radieux, Aqua fit de même avec une jeune fille nommée Kairi.
Eraqus saisit ce que Xehanort souhaitait, combiner le coeur de pure Ténèbre de Vanitas avec celui de Ventus constitué de pure Lumière afin de recréer la X-Blade. Le Maître décida alors de tuer son élève pour éviter que son ami exécute son plan. Cependant, Terra arriva à temps pour stopper Eraqus et Xehanort le tua.
Le Maître de la Keyblade demanda aux trois apprentis de se rendre à la Nécropole des Keyblades pour mettre en place toutes les pièces de son puzzle. Il réussit malheureusement à posséder le corps de Terra qui résista quelques instants, mais en vain, le transformant en TerraXehanort. Au même moment, Vanitas réussit à posséder Ventus et forgea la surpuissante X-Blade. Kingdom Hearts, qui était alors perdu dans les ténèbres depuis la première guerre, réapparut. Aqua, avec l'aide de Mickey Mouse, apprenti de la Keyblade d'un autre Maître, Yen Sid, réussit à détruire la X-Blade.
Aqua rencontra le Maître de Mickey dans la Tour Mystérieuse, ils comprirent que le coeur de Ventus, suite à la bataille contre Vanitas, avait besoin de récupérer, et pour ce faire, le jeune homme était plongé dans un sommeil profond. Aqua scella la Contrée du Départ, la transforma en Manoir Oblivion, scellant le corps de Ventus dans une pièce de celui-ci, la Chambre du Réveil. La jeune femme se rendit ensuite au Jardin Radieux, où celle-ci affronta TerraXehanort. Ce dernier dut fuir et perdit tous ses souvenirs à cause du coeur de Terra résistant à l'emprise de Xehanort. Il fut découvert par Ansem le Sage qui le prit comme apprenti dans son laboratoire, sans se douter de qui était réellement TerraXehanort.
De son côté, le coeur de Ventus retourna vers Sora, qui avait alors grandi depuis leur première "rencontre", et fusionna avec le coeur de ce dernier afin de guérir pour la deuxième fois. Aqua, de son côté, se retrouva dans le monde des Ténèbres, dans lequel le temps ne s'écoule pas de la même façon que dans le monde de la Lumière.
Quelques mois plus tard, TerraXehanort commença à retrouver peu à peu ses souvenirs et ses ambitions reprirent le dessus. A l'aide des autres apprentis, Xehanort tenta de convaincre Ansem le Sage d'exploiter les coeurs afin d'en extraire les ténèbres, d'apprendre à les contrôler et de créer des sans-coeurs. Bien qu'Ansem s'opposa totalement à cette idée, Xehanort se passa de son autorisation et créa l'Organisation XIII avec les apprentis d'Ansem le Sage et la bannit dans le royaume des Ténèbres.
C'est à partir de ce moment que Xehanort usurpa l'identité d'Ansem et extirpa les Ténèbres de son coeur. De ce fait, Xehanort donna naissance à son sans-coeur, Ansem, ainsi qu'à son simili nommé Xemnas. Un simili est l'enveloppe charnelle qui reste après la création d'un sans-coeur. Xehanort créa également des simili à partir des apprentis d'Ansem le Sage pour compléter son Organisation.
Ansem leva son armée de sans-coeurs en visitant les mondes et extrayant le plus possible les Ténèbres dans les coeurs. Xemnas, de son côté s'occupa de recruter les membres nécessaires à la création complète de l'Organisation XIII.
Quant à Ansem le Sage, bloqué dans le Royaume des Ténèbres, il exploita ce pouvoir sans se laisser consumer par celui-ci. Grâce à cette force, il réussit à s'échapper et rejoint la Cité du Crépuscule. Xehanort ayant volé son identité, Ansem le Sage changea son nom en "DiZ" et se déguisa, camouflant son visage. DiZ n'avait alors qu'un seul objectif, accumuler le plus de savoir possible sur les sans-coeurs et les simili.
