Les nouveaux Maîtres
Dans le laboratoire d'Ansem le Sage, les anciens membres de l'Organisation XIII, plus précisément les anciens apprentis d'Ansem dont les corps ont été détruits, en tant que simili, sont de retour dans leurs corps d'origines, en tant qu'humains. Cependant, en se réveillant, Braig et Isa manquent à l'appel, ils ne sont pas au même endroit que les autres. Gardant ses souvenirs de l'époque où ils étaient encore des simili, Lea n'oublia pas les promesses faites à Roxas et demanda à Ienzo s'il avait une idée de l'endroit où les deux membres manquant à l'appel pouvaient se trouver. En récupérant leurs corps, ils se réveilleraient dans le monde dans lequel ils avaient perdu leurs coeurs. Lea se souvint qu'ils étaient dans le Jardin Radieux à ce moment-là.
Conformément à la demande de Mickey, Sora et Riku se présentèrent à Maître Yen Sid afin de passer l'examen du symbole de Maîtrise afin d'enfin devenir de véritables Maîtres de la Keyblade. Pour cela, ils allaient devoir visiter divers mondes qui n'ont pas été restaurés après l'attaque des sans-coeurs. Ces mondes restaient dans un état de sommeil profond, déconnectés des autres mondes. La mission des deux apprentis serait de réveiller ces derniers, de les sortir du royaume des Ténèbres en débloquant les 7 serrures. Pour ce faire, ils furent renvoyés dans le passé, plus particulièrement sur l'Île du Destin afin d'entrer dans le royaume du sommeil avant la destruction de leur monde. Sora parvint à entrer dans ce royaume, mais Riku, voyant que quelque chose ne se passait pas comme prévu, plongea dans les rêves de son ami, devenant un avale rêve, un protecteur de Sora contre ses cauchemars.
Pendant ce temps, Mickey reçut une lettre l'informant de l'enlèvement de Minnie par Maléfique et Pat. Maléfique exigea un accès aux journaux de Jiminy dans le monde numérique en échange de la liberté de la reine. Mickey refusa et un corridor des Ténèbres apparut et des Chakram de flammes s'abattirent sur les deux ravisseurs qui s'enfuirent. Le roi reconnut Axel qui lui raconta qu'il n'était plus qu'un simple simili et qu'il fallait désormais l'appeler Lea. Ce dernier suivit Mickey, Donald et Dingo jusqu'à la Tour Mystérieuse où il demanda à Yen Sid de pouvoir utiliser à son tour une Keyblade. Le Maître accepta en lui précisant que la route allait être longue et difficile, mais grâce à Merlin et les Bonnes Fées, la période d'entraînement seront raccourcis.
Pendant leur visite des différents mondes, Sora et Riku rencontrèrent à nouveau le simili et le sans-coeur de Xehanort, ainsi qu'un jeune homme vêtu comme les membres de l'Organisation XIII. Dans le monde réel, après s'être occupé des 7 serrures, Sora fut transporté à Illusiopolis où Braig était déjà redevenu un simili et le jeune homme vêtu de la tenue noire endormait Sora. Il se révèla être la version jeune de Xehanort qui pouvait voyager dans le temps. Le manieur de la Keyblade était en train de se perdre de plus en plus dans ses propres rêves, toujours plus profondément, et les personnes liées à son coeur commençaient à le hanter et le rendre vulnérable.
Xigbar et Xemnas expliquèrent à Sora que le Xehanort avait donné à sa version jeune la capacité de voyager dans le temps, de réunir plusieurs incarnations de Xehanort, en plaçant dans des réceptacles des fragments de son propre coeur afin de créer la véritable Organisation XIII. Son plan ayant échoué une fois à cause de certains réceptacles comme Axel ou Roxas, il révéla alors l'identité des actuels membres de la véritable Organisation : Maître Xehanort, la version jeune de Xehanort, son sans-coeur, son simili et enfin Xigbar, devenu l'une de ses versions.
Xemnas révéla également que des simili avaient déjà réussi à se créer un coeur comme Xion, Roxas, Axel ou Naminé. Le simili de Xehanort tente alors de faire de Sora l'un des membres de la véritable Organisation mais Sora s'y refusa et l'affronta. Bien que le groupe réussit à le vaincre, le coeur de Sora fut trop endommagé pour continuer et fut plongé dans le coma. Le jeune Xehanort apporta Sora dans la citadelle et le jeune homme fut plongé peu à peu dans les Ténèbres. Une chose exceptionnelle arriva cependant, le coeur de Ventus, toujours présent dans celui de Sora, fit apparaître l'armure de l'élève d'Eraqus pour protéger Sora le plus longtemps possible.
Riku, ayant effectué ses tâches de l'examen, se trouva également transporté dans Illusiopolis, mais à la différence de Sora, il était dans les rêves de ce dernier, en tant qu'Attrape-Rêve, ce que le sans-coeur de Xehanort confirme à Riku. Il tenta à nouveau de prendre possession du corps de ce dernier, mais sa conversation sur la plage avec Terra, lorsqu'il était enfant, lui donna la force de résister pour protéger ses amis. Dans la salle des 13 membres, Riku retrouva le corps de Sora inanimé et apprit à son tour l'identité de la véritable Organisation, et que son ami allait devenir le nouveau réceptacle de Xehanort. Le roi essaya de sauver le jeune manieur de Keyblade mais le jeune Xehanort intervint, mettant Mickey hors jeu. Riku réussit à se défaire du jeune Xehanort mais Maître Xehanort avait pu être ressuscité, et était bel et bien de retour. Le but du Maître était de créer les 13 Ténèbres afin de combattre les 7 gardiens de la Lumière et de ce fait, il serait en mesure de recréer la X-Blade et commencer une seconde Guerre des Keyblades. Le sans-coeur et le simili de ce dernier s'occupant respectivement de Riku et Mickey, Maître Xehanort tenta de placer un fragment de son coeur dans Sora mais Lea récupéra Sora à temps. Saix, qui était lui aussi redevenu un simili, tenta de l'en empêcher, sans succès, mais Donald et Dingo, en utilisant un accessoire du roi permettant de voyager entre les mondes, triomphèrent du sans-coeur invoqué par le sans-coeur de Xehanort.
Le temps alloué à l'Organisation était écoulé mais Maître Xehanort prédit que la fin était proche et donna rendez-vous au groupe à la Nécropole des Keyblades pour en finir une fois pour toutes. Tout le monde revint à la Tour Mystérieuse pour informer Maître Yen Sid de tous les événements qui allaient arriver, mais Sora était toujours plongé dans un profond coma. Afin de le réveiller, Riku utilisa le pouvoir récemment acquis par son aventure pour plonger dans le corps de Sora et rassembler son coeur brisé par le combat contre Xemnas. L'armure de Ventus ayant été corrompue par un cauchemar, Riku dut la combattre et la briser. Sora disparut dans une masse de Ténèbres, ce qui poussa Riku à utiliser la Keyblade de son ami pour entrer dans son subconscient où il rencontra tour à tour Roxas, Ventus, Xion et une projection de données d'Ansem le Sage. Ce dernier lui expliqua qu'il avait réussi à réveiller Sora et qu'Ansem avait caché des données dans son ami qui lui permettrait un jour de sauver les gens disparus. Il révéla également que Sora avait la capacité de connecter son coeur à ceux des autres.
De retour dans le monde réel, Yen Sid annonça le résultat de l'examen : seul Riku était déclaré Maître de la Keyblade. Les deux amis apprirent que Lea serait le prochain à tenter l'examen. Il fit apparaître sa propre Keyblade pour la première fois sous les regards stupéfaits de l'ensemble de l'assistance.
Plus tard, Mickey parla de tout ce qui s'était passé avec Yen Sid. Ils conclurent que 7 Gardiens de la Lumière devaient protéger les 7 Princesses de Coeur. N'étant que 6 Gardiens pour le moment, ils devaient trouver un autre manieur de Keyblade assez fort pour résister aux 13 Ténèbres qui les attendaient. Riku apparut alors derrière Mickey, avec le dernier élu de la Keyblade que Maître Yen Sid avait invité. La 7ème élue n'était autre que Kairi.
Pour protéger les 7 Princesses, ils vont devoir sauver Ventus, Terra et Aqua. Ventus est toujours caché par Aqua depuis toutes ces années au même endroit, tandis qu'Aqua, quant à elle, se trouve toujours dans le Royaume des Ténèbres, mais Yen Sid annonce aux deux Maître de la Keyblade qu'un moyen d'atteindre ce monde vient d'être découvert. Grâce à cela, Mickey et Riku se chargeraient d'aller la chercher. Kairi et Lea subiraient un entraînement accéléré auprès de Merlin. Enfin, Sora, suite à sa dernière rencontre avec Xehanort, a perdu toutes ses capacités et devrait donc partir les acquérir à nouveau en plus du pouvoir qu'il devait acquérir suite à son examen du Maître de la Keyblade. Pour ce faire, Sora, Donald et Dingo mettent le cap sur l'Olympe pour être conseillés par Hercule. Les données d'Ansem le Sage récupérées par Riku dans le corps de Sora sont en cours d'analyse, en espérant qu'elles leurs permettent de faciliter la plus difficile des missions qui puisse les attendre.
