Les héritiers
Une dizaine d'années après que Xehanort ait commencé à exploiter les Ténèbres pour en faire une armée, les trois amis de l'Île du Destin, Sora, Riku et Kairi s'apprêtaient à quitter leur monde natal pour explorer les autres univers qui s'offrent à eux. Tout ne se passa pas comme prévu. Riku, l'enfant choisi par Terra pour manier la Keyblade, découvrit une porte secrète dans une grotte de leur île natale et succomba aux Ténèbres. Cet événement permit aux sans-coeurs d'envahir l'Île du Destin, et, dans un dernier élan d'espoir, Sora tenta de sauver le coeur de Riku avant qu'il ne se fasse totalement absorber par l'obscurité, en vain. Il réussit cependant à faire apparaître pour la première fois sa Keyblade, Chaîne Royale. Sora avait désormais une arme pour se défendre face aux sans-coeurs. Il trouva un moyen de se frayer un chemin jusqu'à Kairi, qu'il retrouva devant la porte que Riku avait ouverte. Une profusion de Ténèbres sortit de cette porte, provoquant la destruction de l'Île. Au même moment, le coeur de Kairi se réfugia dans celui de Sora. Les corps des trois amis se retrouvèrent tous les trois expulsés sur des mondes différents.
Depuis la victoire de Xehanort, Mickey, le manieur de la Keyblade ayant aidé Aqua à détruire la X-Blade, est devenu Maître de la Keyblade et roi de son propre monde. Enquêtant de son côté pour trouver une solution aux sans-coeurs, il demanda à ses deux sujets et amis Donald et Dingo de trouver la "clé". Les deux compagnons partirent alors pour la Ville de Traverse, un monde regroupant les réfugiés dont les mondes ont été anéantis. C'est à cet endroit qu'ils rencontrèrent Sora qui venait de se réveiller à la ville de Traverse et leur chemin croisa ceux de Léon, Aerith, Cid et Yuffie. Ces derniers expliquèrent aux trois nouveaux arrivants que des créatures appelées sans-coeur attaquaient les villes et volaient le coeur des gens. Léon lui apprit également très vite qu'il possédait le moyen de sceller les mondes et ainsi les protéger des Ténèbres grâce à sa Keyblade.
Après avoir scellé et protégé différents mondes, Sora, Donald et Dingo firent la rencontre de Maléfique. Celle-ci leur expliqua qu'elle était à la recherche des sept princesses de coeur afin d'accéder à Kingdom Hearts. Ces princesses étaient en fait protégées par les sept fragments de la X-Blade qui s'en étaient détachés durant sa destruction. Sora découvrit également que Riku était allié à Maléfique : elle lui avait promis de retrouver Kairi en échange de son aide dans la recherche des princesses. Riku vit que Sora avait trouvé de nouveaux compagnons et qu'il était capable de manier la Keyblade. Rongé de jalousie, n'hésita pas à croire ce que Maléfique lui disait. Il pouvait cependant tenir la Chaîne Royale de Sora, qui restait dans sa main, le montrant digne d'en manier une. Il n'hésita pas à s'emparer de la Chaîne Royale et de qualifier son ami de simple livreur. Riku s'abandonna alors aux Ténèbres et laissa tomber Sora pour sauver Kairi.
Riku finit par retrouver le corps de Kairi inanimé, son coeur étant toujours absent de son corps.
Sora, Donald et Dingo arrivèrent à la Forteresse Oubliée, qui n'était autre que les vestiges du Jardin Radieux d'autrefois. Ils y retrouvèrent Riku qui avait changé d'apparence, plus sombre, son coeur étant presque uniquement rempli de Ténèbres. Originellement choisi pour être le manieur de Chaîne Royale, Riku prit possession de celle-ci et Sora se retrouva privé de Keyblade. Grâce à l'aide de Donald et Dingo, il réussit à retrouver Riku pour l'affronter et reprit le contrôle de Chaîne Royale : le coeur de ce dernier était plus faible que celui de Sora. Riku se laissa alors posséder par Ansem et une nouvelle Keyblade fit son apparition, créée à partir des six princesses de coeur. La nouvelle arme de Riku était, elle, capable d'ouvrir le coeur des autres. L'ami de Sora était alors devenu Ansem, le chercheur des Ténèbres.
Ansem en profita pour expliquer à Sora que Kairi était l'une des princesses de coeur de lumière pure et que son coeur était abrité dans le sien. Les autres princesses, Aurore, Cendrillon, Blanche Neige, Belle, Alice et Jasmine, étaient déjà détenues par Maléfique et Riku afin de compléter la dernière serrure, celle de la Forteresse Oubliée. Après avoir battu Ansem, Sora se rendit compte qu'il ne pouvait pas sceller la serrure de la Forteresse Oubliée à cause du coeur de Kairi. Il décida alors d'utiliser la Keyblade de Riku sur lui-même pour libérer son coeur. Durant ce processus, Sora se transforma en sans-coeur et Kairi était enfin réveillée. Elle utilisa cependant son pouvoir de princesse des coeurs afin de rendre à Sora sa forme humaine.
Pendant ce temps, Ansem se dirigea vers la Fin des Mondes, un endroit où étaient regroupés les fragments de mondes qui avaient été pris par les sans-coeurs. Sora, Donald et Dingo le retrouvèrent et arrivèrent à le vaincre mais il arriva tout de même à ouvrir la porte d'un Kingdom Hearts artificiel. La masse de lumière qui se dégagea de celle-ci l'anéantit cependant en un rien de temps. Riku n'était de ce fait plus possédé par Ansem et retourna dans son corps. Ce dernier et le roi Mickey se retrouvèrent derrière la porte, dans le royaume des Ténèbres, et décidèrent de fermer la porte de l'intérieur pour éviter que la masse de sans-coeurs envahisse les mondes. De l'intérieur, Aqua, toujours enfermée, aida Riku et le roi en les défendant contre la déferlante de Ténèbres arrivant sur eux.
La porte scellée, les mondes brisés se réunirent et Kairi se retrouva sur l'Île du Destin. Sora, Donald et Dingo se mirent à nouveau en route pour retrouver la porte de la Lumière et secourir leurs amis. Aqua, de son côté, toujours dans le monde des Ténèbres, fit le voeu d'aider toute personne qu'elle y rencontrera.
Une chose cependant n'était pas prévue lorsque Sora libéra le coeur de Kairi. Le jeune homme créa deux Simili, Roxas, le sien et Naminé, celui de Kairi.
