L'avènement de la Lumière
Roxas numérisé dans la Cité du Crépuscule virtuelle vit des vacances d'été en compagnie de ses amies, Hayner, Pence et Olette. Tous les événements qu'il a vécus au sein de l'Organisation XIII sont oubliés et des souvenirs de Sora commencent à resurgir encore une fois, pendant que Naminé finalise la restauration des souvenirs de ce dernier à l'extérieur de la ville virtuelle. Des simili, différents, moins puissants que ceux appartenant à l'Organisation, commencent à envahir la ville. A chaque fois que Roxas est en danger en se retrouvant face à eux, la Chaîne Royale apparaît dans ses mains sans qu'il ne sache comment ni pourquoi, en particulier lorsqu'Axel passe à l'attaque pour le ramener d'où il vient à la demande de Xemnas.
Naminé apparaît plusieurs fois devant Roxas, essayant de communiquer avec lui. Le lien l'unissant à Kairi permet à cette dernière d'établir un lien, posant des questions sur Sora. Après d'étranges événements sous forme d'anomalies de la cité virtuelle, Roxas trouva une maison abandonnée dans laquelle se trouvait Naminé qui lui révéla tout sur son existence ; il est un simili et bientôt il devra rencontrer Sora. Troublé par ce qu'il venait d'apprendre, Axel apparut une seconde fois et le menaça de le tuer s'il ne voulait pas revenir auprès de ses anciens "compagnons". Avant de se faire attaquer, DiZ intervint et demanda à Roxas de retourner au manoir. De retour dans la maison abandonnée, Naminé tenta de rassurer le jeune homme en lui disant qu'en rencontrant Sora, il ne disparaîtrait pas, mais serait de nouveau entier. En descendant dans les souterrains, Roxas retrouva tous ses souvenirs et, fou de rage, détruisit l'ordinateur numérique de DiZ.
Axel apparut une troisième fois devant Roxas, voulant à tout prix accomplir sa mission, mais Roxas avait récupéré toutes ses capacités, y compris le fait d'invoquer deux Keyblades à la fois. Le combat fut rapidement expédié et Roxas émit le souhait de revoir un jour Axel, dans de meilleures conditions. Son ami rétorqua que lui n'avait pas le droit à une prochaine vie tout en fuyant dans un couloir de Ténèbres. Le simili arriva enfin aux capsules détenant Donald et Dingo, puis à celle contenant Sora, tous trois endormis. Une version numérisée de DiZ se dressa devant lui, affirmant qu'il souhaitait toujours se venger de l'Organisation XIII. Lorsque la capsule s'ouvrit, laissant apparaitre Sora, Roxas accepta enfin sa destinée en réintégrant le véritable manieur de la Chaîne Royale.
Dès qu'il fut à nouveau complet, Sora, entendant la voix de Roxas, se réveilla et retrouva ses deux amis Donald et Dingo par la même occasion. Ils partirent à la rencontre de l'ancien maître de Mickey, Yen Sid, à la Tour Mystérieuse. Il les informa alors qu'ils devront affronter les sans-coeurs, les simili ainsi que l'Organisation XIII.
Le trio d'amis partit donc à la recherche de Riku qui avait disparu depuis un long moment. Ils allèrent tout d'abord à la Forteresse oubliée, dont les habitants venaient tout juste de se souvenir des trois compagnons. Ils y rencontrèrent un premier membre de l'Organisation. Ils rencontrèrent à nouveau le comité de restauration de la Forteresse oubliée : Leon, Yuffie, Aerith, Cid & Merlin qu'ils aidèrent à repousser l'invasion de sans-coeurs et de simili. Après le combat, Sora, Donald et Dingo devinrent membres à part entière du Comité de restauration et partirent à l'assaut de l'Organisation XIII à travers les mondes.
Kairi, toujours sur l'Île du Destin, fit la rencontre d'Axel, qui l'attira en lui promettant de pouvoir l'amener à Sora et la kidnappa. L'amie de Sora fut prise en charge et retenue prisonnière par Saix, l'un des membres de l'Organisation les plus importants.
De retour à la Forteresse Oubliée, Sora trouva le laboratoire d'Ansem le Sage ainsi que son ordinateur. Il comprit toutes ses notes et découvrit bon nombres d'informations sur les sans-coeur et les simili. Le monde était attaqué par les sans-coeur et, rejoint par le roi Mickey, le comité ainsi que Cloud repoussèrent un grand nombre de ces derniers. Xemnas se montra enfin et Mickey, comprenant qui était cet homme, le poursuivit tandis que Sora, Donald et Dingo se firent encercler par 1000 sans-coeurs qu'ils arrivèrent à repousser. Après cette bataille, Xemnas provoqua le groupe et le roi, laissant entendre que Mickey en savait bien plus sur l'endroit où se trouvait Riku qu'il ne voulait bien le dire. Le simili de Xehanort disparut dans une porte des Ténèbres dans laquelle Mickey s'engouffra ensuite. Au même moment, Axel apparut devant le manieur de Keyblade, qui souhaitait aider le trio en lui racontant l'histoire de l'Organisation XIII, mais il fut interrompu par le geôlier de Kairi, qui révéla à Sora les intentions de Xemnas de l'utiliser pour capturer les coeurs des sans-coeurs afin de construire un Kingdom Hearts artificiel. Saix invoqua alors des sans-coeurs pour que Sora les libère, mais contre toute attente, Maléfique intervint et sauva les trois amis.
Tout de suite après, le porteur de Keyblade accompagné d'Hayner, Pence, Olette et le roi, se dirigèrent vers le manoir précédemment visité par Roxas. Lorsqu'ils arrivèrent au niveau du sous-sol et de l'ordinateur de DiZ, ils tombèrent dans une embuscade de simili mais Axel s'interposa et se sacrifia pour les sauver. Dans ses derniers instants, le membre de l'Organisation XIII s'excusa d'avoir kidnappé Kairi et révéla l'endroit où elle se trouvait. Il en profita pour lui expliquer qu'il l'avait fait dans l'espoir de revoir son vieil ami et qu'il lui avait fait sentir comme il était auparavant, lorsqu'il avait un coeur. Axel ouvrit enfin un portail vers Illusiopolis pour leur permettre d'accomplir leur mission.
Roxas se réveilla à l'intérieur de Sora et ils se retrouvèrent au palier de l'éveil pour s'affronter. En prenant de la hauteur, le simili comprit que Sora avait réussi à obtenir la Keyblade grâce au lien qui l'unit à ses amis et fut prit d'une rage incontrôlable, désarmant le porteur de la Keyblade. Sora réussit à récupérer son arme et à vaincre Roxas qui lui sourit en affirmant qu'il était un bon double.
Sur la route menant à la Forteresse d'Illusiopolis, Kairi se fit libérer par son simili, Naminé, qui ouvrit un portail lui permettant de s'échapper. Saix tenta de s'interposer mais Riku arriva pour la sauver, toujours avec l'apparence physique du sans-coeur de Xehanort. Profitant de l'agitation, Maléfique tenta de s'infiltrer dans la Forteresse. Sora parvint à rejoindre Riku et Kairi pour la première fois depuis de nombreuses années et ils réussirent à vaincre plusieurs membres de l'Organisation : Xigbar, Luxord et Saix. Le meilleur ami de Sora lui révéla l'identité de Roxas et les liens qui unissaient les deux jeunes hommes. Après cela, DiZ révéla son identité et par la même occasion son visage aux yeux de tous : le véritable Ansem. Grâce à un dispositif d'encodage, il tenta de sceller le Kingdom Hearts artificiel mais la machine commença à surchauffer et avant d'exploser, il s'excusa auprès de Roxas pour tout ce qu'il avait dû subir par sa faute. L'explosion de lumière fit disparaître Ansem et, en même temps, Riku fut purifié des Ténèbres et retrouva sa réelle apparence. Le groupe se rendit compte que le Kingdom Hearts artificiel avait également été endommagé, ce qui provoqua la venue d'une déferlante de sans-coeurs. Pour la seconde fois, Maléfique et Pat rendirent service à Sora, Riku et Kairi en retenant cette attaque pour leur permettre de passer et d'atteindre Xemnas. Après avoir battu le simili de Xehanort, Roxas et Naminé apparurent devant Sora et Kairi une dernière fois, se faisant la promesse de se voir chaque jour avant de fusionner avec leurs homologues. Le corridor des Ténèbres dans lequel Mickey, Donald, Dingo et Kairi entrèrent se referma juste devant Sora et Riku, Xemnas était de retour pour un dernier combat.
Après avoir vaincu le leader de l'Organisation XIII, Riku et Sora réussirent à s'enfuir dans le Royaume des Ténèbres, sur une plage, face à la mer. Commençant à se résigner, ils trouvèrent une bouteille avec une lettre de Kairi à l'intérieur. Une fois que Sora eut fini de la lire, une porte de lumière s'ouvrit devant eux et ils se dirigèrent droit vers elle. Les deux amis se firent propulser dans l'eau, droit devant l'Île du Destin où se trouvaient Kairi, Mickey, Donald et Dingo. Roxas et Naminé furent en mesure de se voir également un bref instant à ce moment. Plus tard, Kairi ramena une lettre à ses amis portant le sceau du roi Mickey.
