Maintenant que vous avez récupéré la puce du chasseur, retour au labo de la mémoire dans Goodneighbor (images 1 & 2) et retournez parler au professeur qui devrait se trouver près du guichet (image 3). Après une brève discussion, elle vous avouera ne rien pouvoir faire pour vous et vous conseillera d'aller rendre une petite visite au Réseau du Rail. Pour se faire vous devrez effectuer la quête «Sur le chemin de la liberté» que vous avez dû récupérer en allant chercher Nick Valentine : téléportez-vous à South Park Street Station (image 4).
Pour trouver le QG du Réseau, vous devrez suivre la ligne rouge tracée au sol et qui vous fera traverser une bonne partie de Boston (image 5). Attention, cette dernière disparait parfois dans les gravats et il faudra donc s'avancer un peu et tester plusieurs chemins pour la retrouver (image 6). En route, vous croiserez de nombreux ennemis comme des super-mutants ou ces bonnes vieilles goules, libre à vous de tracer votre route plutôt que de les affronter. Après une petite chasse aux trésors vous devriez arriver devant l'église qui sert de repère à la fameuse faction (image 7). Si vous ne souhaitez pas la jouer réglo, vous pouvez tout à fait vous y rendre en jetant un coup d'oeil à son emplacement sur l'image 8.
Une fois à l'intérieur prenez directement à droite, puis à droite de nouveau pour rejoindre le sous-sol de l'église. Après un long corridor, vous devriez arriver devant un étrange mécanisme avec un mot de passe à taper sur une immense pièce de cuivre. Renseignez RAILROAD et le passage devrait s'ouvrir (image 9). A l'intérieur, vous devriez faire la connaissance de Desdemona et de ses plus proches lieutenant : ces derniers examineront la puce pour vous (images 10 & 11). Une fois ceci fait, sortez de l'église et téléportez vous près de Virgil (image 12).
Ce dernier vous expliquera comment construire un téléporteur (image 13), seulement vous ne pourrez pas le faire seul et vous devrez demander à l'une des 3 factions connues du jeu de vous prêter main-forte. Là vous faites comme vous le souhaitez, soit vous continuez avec le Réseau du Rail, soit vous partez à la découverte de la Confrérie de l'Acier ou alors vous retournez prêter main-forte aux Rebelles. Quelque soit votre choix, vous devrez au moins effectuer une mission sous leur coupe pour qu'ils vous aident. Pour cette soluce, nous avons décidé de continuer de travailler avec le Réseau du Rail : cela vous donne accès à la construction spéciale de la plate-forme que vous devrez poser dans l'une de vos colonies. N'hésitez pas à vous référer à l'image 14 pour savoir de quoi vous avez besoin pour la monter.
Maintenant que la plate-forme est prête, retournez voir Tom (image 15) qui se rendra alors sur place. La partie «colonie» n'est pas finie puisqu'il vous faudra aussi une antenne (image 16), un émetteur (image 17) et une console de commandes (image 18) : attention, le tout doit être relié électriquement, donc prenez bien le temps de vous munir des matériaux nécessaires à la construction de nombreux générateurs (le plus gros générateur vous demande un point de compétence en scientifique).
Une fois que tout est prêt, le chef de faction que vous aurez choisi viendra taper un brin de causette avec vous sur un objectif à remplir une fois à l'intérieur de l'Institut (image 19). Placez-vous ensuite au centre du téléporteur et attendez que le voyage s'enclenche (image 20). Vous voici en plein cœur de l'Institut : avancez jusqu'au premier ascenseur sous les consignes de Père (image 21) et l'avant-dernière mission de la trame principale de Fallout 4 se termine.