La vie sur Terre
Le premier Pokémon autre que les Créateurs à être apparu fut Mew. Peu de choses sont connues à son sujet : les seules découvertes scientifiques ont permis de montrer qu'il existait une grande population de Mew peu après la création de la Terre, mais que leur nombre diminua pour des raisons inconnues. Le seul Mew encore présent possède les cellules de chaque Pokémon au monde : c'est pour cela qu'on peut affirmer aujourd'hui qu'il est leur ancêtre.
Les Pokémon que nous connaissons aujourd'hui à l'état de Fossiles proliférèrent, au fur et à mesure que les Mew disparaissaient.
Kabuto et Kabutops apparurent en premier en milieu marin, et les autres suivirent peu après. Une ancienne version de Genesect, très certainement Kabutops, naquit de même. Ce n'est que lorsque la Team Plasma manipula son ADN que Genesect prit la forme que nous la connaissons aujourd'hui.
Durant la courte ère glacière, il y a dix mille ans, la population des Mammochons apparut en grand nombre, mais diminua très vite à la fonte des glaces. Les derniers spécimens restent ainsi en montagne, dans les zones les plus froides de la planète.
La science put aussi constater la mutation de l'espèce des Magicarpes (qui est bien un Pokémon préhistorique), bien plus puissants à l'époque que ceux connus aujourd'hui.
Le début de l'Histoire
L'être humain apparu peu après ces événements, environ 3500 ans avant notre ère, sans qu'on en sache vraiment plus sur ses origines.
Il prit rapidement les Pokémon créateurs pour Dieux, et la Méga-Evolution se manifesta pour la première fois suite au contact entre humains et Pokémon.
Par exemple, Rayquaza, vénéré du Peuple Météore. Amaryllis, leur descendante, raconte à ce sujet :
« Une météorite venue des confins les plus reculés de l'espace s'écrasa non loin d'un village où habitait un clan spécialisé dans les Pokémon Dragons. Un Pokémon d'un vert respendlissant descendit des cieux, comme s'il répondait à l'appel de la pierre étincelante. Il parvint à calmer les conflits de Primo-Groudon et Primo-Kyogre. Le peuple de Hoenn célébra Rayquaza comme son sauveur. Une autre météorite, quelques années plus tard, secoua tellement la Terre qu'elle réveilla les deux Pokémon légendaires. Raquaza descendit des cieux. Alors que les hommes multipliaient les marques de dévotion à son égard, un changement se produisit. Rayquaza fut enveloppé d'une lumière aveuglante. Quand il réapparut, son apparence avait changé et sa puissance était encore plus grande. »
Les premiers objets Reliques que nous pouvons encore trouver aujourd'hui furent aussi créés.
Puis un des événements les plus marquants de l'Histoire arriva : la Grande Guerre, dont les raisons sont pour l'instant inconnues. L'arme ultime, se servant de l'énergie infinie (que le président de la société Devon décrit comme énergie tirant sa source de la Méga-Evolution), fit de gros ravages dans tout Kalos. On n'apprit que récemment que cette arme ultime venait en fait d'un géant, AZ. Il avait avec lui un Pokémon qu'il chérissait plus que tout, Floette, qui mourut durant cette fameuse guerre. Triste et abattu, AZ créa une machine qui puisait cette énergie infinie afin de ressusciter son ami Floette. L'homme réussit à faire aboutir sa création, mais le Pokémon, voyant son ami perverti par sa nouvelle machine, décida de l'abandonner, le laissant seul dans sa folie. AZ modifia alors la machine pour en faire une arme destructrice. Il ne revint qu'après les événements de Pokémon X & Y, retrouvant AZ, errant à la recherche de son seul compagnon après s'être rendu compte de ses erreurs.
L'Homme inventa l'écriture peu après la Guerre, sûrement comme un moyen de se souvenir de l'horreur du passé : on trouve en effet les premiers signes d'écriture avec les Zarbis 1500 ans avant notre ère, dans les Ruines d'Alpha, à Johto. Puis ensuite, le calme complet. Nous n'avons pas trouvé d'événement marquant dans l'Histoire, de ce moment à l'édification de la Tour Carillon et de la Tour Cendrée, à Johto encore une fois, dans la ville de Rosalia. Au sommet de la Tour Carillon vint se percher l'Oiseau Légendaire Ho-Oh, tandis qu'en haut de la Tour Cendrée vint se percher sa némésis, Lugia.
La région de Johto se développa suite à ces évènements : la Pharmacie fut construite à Irisia, tandis qu'à Ecorcia les Ramoloss devinrent sacrés après avoir ramené la pluie. Les autres régions du Monde Pokémon commencèrent à fleurir de même : le Palais Chaydeuvre, connu pour son immensité et sa beauté, fut construit à Kalos, ainsi que le magnifique Pont du Hameau à Unys. En plus de tous ces monuments, le nombre de villes et de villages connut une forte croissance, ainsi que le commerce entre les régions, notamment entre celle de Johto et Kanto, la liaison se faisant facilement par voie maritime.
150 ans avant notre ère, la Tour Cendrée brûla. Cet incendie tua trois Pokémon qui l'habitaient. Lugia s'exila dans les Tourb'Îles, et ne se manifesta plus jamais à Rosalia. Ho-Oh, lui, décida de ramener à la vie ces trois Pokémon décédés (d'après certaines rumeurs, un Aquali, un Voltali et un Pyroli) : il donna ainsi naissance à Suicune, Raikou, et Entei, les Chiens Légendaires parcourant Johto à la recherche d'un dresseur au cœur pur.
Au même moment, dans un contexte totalement différent, les premières Ligues Pokémon furent établies, l'Homme prenant goût au combat de Pokémon et s'attachant de plus en plus à ces êtres fantastiques.
L’amélioration des nouvelles technologies s'amplifia de manière exponentielle : de la Tour Radio de Doublonville aux différents centres commerciaux (Nénucrique, Céladopole...), en passant par le Centre Spatial d'Algatia, tous les moyens de mettre en pratique de nouvelles découvertes étaient bénéfiques. Ainsi, L'Homme posa son premier pas sur la lune 20 ans avant la naissance de Red et Blue. Les découvertes scientifiques permirent aussi de donner vie au premier Pokémon artificiel : Porygon. Le ferry Marina d'Hoenn, symbole de l'innovation, fut aussi construit.
L'Histoire contemporaine commence alors, ce qui fera l'objet d'un futur article. Cependant, la récente découverte au sujet des multivers nous laisse sans réponse sur une grande partie de l'Histoire, déjà floue, que ce soit d'un côté ou l'autre de l'univers.