Les Fnatic débutent la saison 2 avec les Championnats du monde des IEM saison VI qui s'avèrent être un échec total. Ils finissent 5es de leur groupe sur un score de 2 victoires pour 3 défaites, derrière des équipes qu'ils avaient pourtant facilement battues par le passé. Cela étant, ils ne restent pas sur cet échec puisqu'ils participent au Trophée SK de mars et finissent 2e de la compétition derrière les Natus Vincere.
En mars, l'équipe est invitée à participer au Championnat de printemps organisé par Azubu. Malgré leur groupe D composé uniquement d'équipes coréennes et surtout considéré comme le groupe de la mort, ils arrivent à se classer seconds. Leur groupe était tout de même composé alors des MiG Blaze (futur CJ Entus Blaze) qui remporteront d'ailleurs la compétition, des StarTale (qui comptait alors dans leurs rangs, Vitamin, Ryu, kkOma, Joker et MaFa) et des Team Hunters. Ils sortent des phases de groupe sur un score de 2-1 et accèdent au bracket final de la compétition. Malheureusement, ils seront opposés à Team OP, la première équipe professionnelle coréenne et seront vaincus 2-0. Ils finissent top 5-8, une performance décevante pour l'époque malgré la présence de la seule vraie équipe professionnelle participant à l'événement.
Les Fnatic, à ce moment, semblent bien en dessous de l'attente que le monde avait d'eux. En l'espace de deux mois, l'équipe aura fait un top 5 aux Championnats du monde des IEM saison VI et un top 5-8 lors de leur voyage en Corée. Le jeu des Fnatic est brouillon et la botlane ainsi que Shushei au top se retrouvent accusés, perdant régulièrement leur phase de lane. Ils s'engagent envers et contre tout, ne baissant pas les bras, dans les tournois RaidCall PLAY Cup. Fnatic finit second lors des deux Cup malgré le changement qu'ils doivent effectuer dans leur line-up : Mellisan doit penser à ses études et c'est donc Patrick « Pheilox » Riehle qui prend la place du support.
La structure est dans une période noire, elle n'a encore rien gagné en cette saison 2 et se doit d'opérer un changement. Shushei ne s'adapte pas du tout à la nouvelle méta et continue à jouer des mages en toplane face à des bruisers, la structure décide alors de le remercier. Il est remplacé par Paul « sOAZ » Boyer, un jeune espoir français de la scènede League of Legends.
Connaissant deux changements presque coup sur coup, l'équipe s'engage aux MLG Saison 2 Circuit Pro avec l'envie de prouver que leurs dernières décisions sont justifiées. La nouvelle line-up réussit à se hisser jusqu'au round 4 de la compétition, mais se font ensuite battre par les TSM puis par les Team Dynamic, anéantissant une fois de plus tout espoir de victoire. Mais les Fnatic ne s'arrêtent pas là puisqu'ils participent ensuite à la Dreamhack Summer 2012 où ils finissent top 4 après avoir été battu par les CLG Europe en demie-finale puis par les Curse Europe lors du match pour la 3e place. Le bilan est sans appel : la botlane reste fragile ce qui ne pardonne pas face aux meilleures équipes d'Europe.
C'est donc une équipe bancale qui tentera les qualifications européennes pour les Championnats du monde saison 2. Les Fnatic se devaient de se qualifier puisqu'ils étaient les champions en titre, mais malheureusement, ils ne réussiront pas à passer cette épreuve. Le renouveau amorcé n'a donc pas suffi et Fnatic est à cette époque bien loin de leur heure de gloire de la saison 1.
Fnatic aura donc connu une très mauvaise saison avec uniquement deux podiums dans des compétitions mineures, des résultats plus que décevants pour une équipe championne du monde. La structure décide à nouveau d'opérer des changements en prévision de la Campus Gaming Party : Berlin. Pheilox jugé trop passif en lane sera remercié par la structure qui a pour but de rechercher un support agressif avec de bonnes mécaniques. Ils porteront leur choix sur Christoph « nRated » Seitz. Choix payant puisqu'ils remportent cette compétition et la Leona de nRated aura effrayé tout le monde en cette fin de saison 2.
Mais alors que l'équipe semble enfin avoir trouvé un équilibre de jeu, un gros départ touche l'équipe : leur Carry AD, Lamia, part étudier à Taïwan et prend donc sa retraite eSportive. Un troisième changement de joueur en cette saison 2 pour l'équipe qui semble revenir dans un état de tourmente à l'orée des qualifications pour les LCS, nouvelle compétition lancée par Riot en Europe et aux États-Unis pour la saison 3.
